By this author

Comparison of Bioinformatic Methods and Databases for Metabarcoding of Lactobacillus Starter Cultures

Issue number 3 from 08.04.2025

Методы секвенирования нового поколения позволяют полностью выявлять качественный состав микробиоты в ферментированных продуктах, таких как йогурты и кефиры. Однако для правильных методических рекомендаций по применению высокопроизводительного секвенирования для анализа продуктов необходимо выяснить оптимальное сочетание биоинформатического программного обеспечения и базы данных. Цель данного исследования – определить состав микробиоты ферментированных молочных продуктов с помощью высокопроизводительного секвенирования и проанализировать, как выбор программы влияет на полученные данные. Было отсеквенировано 7 образцов метагеномов ферментированных молочных продуктов с целью сопоставления состава и выявления основных компонентов. Чтения, полученные в результате секвенирования участка гена 16S рРНК 7 образцов ферментированных молочных продуктов, были проанализированы с помощью BLASTN по базе данных 16S Microbial NCBI, а также MEGAN и MG-RAST. Также были проанализированы смеси сгенерированных псевдопрочтений, которые состояли из видов Lactococcus lactis, Levilactobacillus brevis, Lactobacillus kefiri и Leuconostoc mesenteroides. Используемые биоинформатические средства отличаются по степени применимости в зависимости от допустимого уровня ошибок. BLASTN без биннинга позволяет определять до вида образцы, которые MEGAN и MG-RAST определяют только до рода, но вместе с этим допускает больше ложноположительных ошибок при использовании разных баз данных с неверно определенными референсными последовательностями. Таким образом, дальнейшее определение бактериального состава кисломолочных продуктов требует создания курируемой базы данных для верного определения до уровня вида.

64 0